Wrth ddewis deunyddiau pecynnu cemegol, y prif ystyriaeth yw cydnawsedd cemegol y deunydd. Mae gan wahanol fathau o gemegau ofynion gwahanol ar gyfer deunyddiau pecynnu. Er enghraifft, efallai y bydd angen poteli gwydr ar gemegau peryglus, tra bod cemegau cyffredin sy'n seiliedig ar doddydd yn addas ar gyfer poteli plastig neu ganiau metel. Mae gan boteli gwydr y fantais o anadweithiolrwydd cemegol uchel ac nid ydynt yn rhyddhau sylweddau niweidiol. Fodd bynnag, mae eu hanfanteision yn cynnwys costau uwch a'r angen am becynnu arbennig yn ystod cludiant i atal torri. Mae poteli plastig yn is o ran cost, yn hawdd i'w prosesu a'u cludo, ond mae plastigau'n tueddu i amsugno cemegau, a gall storio tymor hir achosi llygredd amgylcheddol. Mae gan ganiau metel wrthwynebiad cyrydiad a pherfformiad selio da, gan eu gwneud yn addas ar gyfer cemegau sy'n hawdd eu hydoddi neu'n adweithiol iawn, er bod eu costau cynhyrchu yn gymharol uchel.
Mae ymwrthedd tymheredd deunyddiau pecynnu hefyd yn ystyriaeth bwysig. Mewn cynhyrchu cemegau, yn aml mae angen storio a chludo cemegau o dan amodau tymheredd uchel neu isel. Gellir defnyddio poteli gwydr a chaniau metel â phwynt toddi uchel ar dymheredd uchel, tra bod poteli plastig yn dueddol o anffurfio ac nid ydynt yn addas ar gyfer storio tymheredd uchel. Mae ailgylchadwyedd a chyfeillgarwch amgylcheddol deunyddiau pecynnu hefyd yn bryderon allweddol i brynwyr modern; gall dewis deunyddiau sy'n gyfeillgar i'r amgylchedd leihau'r baich ar yr amgylchedd.