Y gwahaniaeth rhwng isopropyl aisopropanolyn gorwedd yn eu strwythur a'u priodweddau moleciwlaidd. Er bod y ddau ohonyn nhw'n cynnwys yr un atomau carbon a hydrogen, mae eu strwythur cemegol yn wahanol, gan arwain at wahaniaethau sylweddol yn eu priodweddau ffisegol a chemegol.

Mae alcohol isopropyl, a elwir hefyd yn isopropanol, yn perthyn i'r teulu o alcoholau ac mae ganddo'r fformiwla gemegol CH3-CH(OH)-CH3. Mae'n hylif anweddol, fflamadwy, di-liw gydag arogl nodweddiadol. Mae ei bolaredd a'i gymysgedd â dŵr yn ei wneud yn gemegyn diwydiannol pwysig, gan ddod o hyd i'w gymhwysiad mewn amrywiol feysydd megis toddyddion, gwrthrewyddyddion, ac asiantau glanhau. Defnyddir isopropanol hefyd fel deunydd crai ar gyfer cynhyrchu cemegau eraill.

Ar y llaw arall, mae isopropyl yn cynrychioli radical hydrocarbon (C3H7-), sy'n ddeilliad alcyl o propyl (C3H8). Mae'n isomer o bwtan (C4H10) ac fe'i gelwir hefyd yn bwtyl trydyddol. Mae alcohol isopropyl, ar y llaw arall, yn ddeilliad alcohol o isopropyl. Er bod gan alcohol isopropyl grŵp hydroxyl (-OH) ynghlwm wrtho, nid oes gan isopropyl unrhyw grŵp hydroxyl. Mae'r gwahaniaeth strwythurol hwn rhwng y ddau yn arwain at wahaniaethau sylweddol yn eu priodweddau ffisegol a chemegol.

Mae alcohol isopropyl yn gymysgadwy â dŵr oherwydd ei natur begynol, tra bod isopropyl yn anbegynol ac yn anhydawdd mewn dŵr. Mae'r grŵp hydroxyl sydd mewn isopropanol yn ei wneud yn fwy adweithiol a phegynol nag isopropyl. Mae'r gwahaniaeth polaredd hwn yn effeithio ar eu hydoddedd a'u cymysgedd â chyfansoddion eraill.

I gloi, er bod isopropyl ac isopropanol yn cynnwys yr un nifer o atomau carbon a hydrogen, mae eu strwythur cemegol yn wahanol iawn. Mae presenoldeb grŵp hydroxyl mewn isopropanol yn rhoi cymeriad pegynol iddo, gan ei wneud yn gymysgadwy â dŵr. Nid oes gan isopropyl, heb y grŵp hydroxyl, y priodwedd hon. Felly, er bod isopropanol yn cael ei ddefnyddio mewn sawl ffordd ddiwydiannol, mae defnyddiau isopropyl yn gyfyngedig.